Desde 1998 se centró en el género documental y tomó parte en el Master de Documentales Creativos de la Universidad Pompeu Fabra de Barcelona. Trabajó como editora en la película En construcción, de José Luis Guerín, que recibió, entre otros, el Goya al Mejor Documental en 2001 y el premio del Jurado Internacional en el Festival de Cine de San Sebastián. En construcción y El cielo gira fueron creados por el mismo Master de la Universidad con el apoyo del presidente de la universidad, Jordi Balló, la colaboración de algunos estudiantes y Canal +; la participación de los gobiernos de Navarra, el País Vasco y León. El cielo gira necesitó un año entero de preparación en el lugar por parte de Mercedes Álvarez, siete a ocho semanas de rodaje y ocho meses de edición.
Festival Internacional de Cine de Morelia